Toegangseisen
Advies: Moleculaire Biologie, jaar 2.
Beschrijving
Een nieuwe ontwikkeling in de biologie is de Systeembiologie. Het grote verschil met de traditionele studie van een enkel eiwit of gen is dat een groot aantal variabelen gemeten wordt in een celtype of organisme afhankelijk van ontwikkeling of omgeving. De genomische sequenties (genomics) van een aantal (model)organismen zijn nu volledig bepaald, en dat aantal neemt exponentieel toe. Dit geeft inzicht in welke genen en eiwitten een organisme potentieel tot expressie kan brengen. Echter de expressie zal veelal afhangen van ontwikkeling en omgeving. Welke genen in welke mate tot expressie komen, d.w.z. de diversiteit en hoeveelheid aan mRNAs (transcriptomics) in een bepaald celtype of organisme, kan volledig bepaald worden m.b.v. micro-arrays of RNA sequencing. Voor metabolieten (metabolomics) en eiwitten (proteomics) is het nu nog moeilijk om dat volledig te doen, en vinden er nog volop technologische ontwikkelingen plaats. Combinatie van de verschillende omics metingen leidt tot de Systeembiologie, waarbij inzicht wordt verkregen in hoe het volledige biologische systeem reageert afhankelijk van ontwikkeling of omgeving. Dit maakt het mogelijk om het functioneren van cellen mathematisch te modelleren, en te komen tot de ontwikkeling van een virtuele cel. Deze cursus gaat in op de theorie van de omics technologieën, de vernieuwende voordelen van de systeembiologie, het metabolisme van bakkersgist en het analyseren van grote data sets aan de hand van enkele voorbeelden gekozen uit lopend onderzoek.
Leerdoelen
Na afloop van het vak kunnen studenten:
De vergelijkingen en dynamiek van dynamische modellen van biochemische netwerken leren herkennen en toepassen op een biologische vraagstelling.
De law of mass action en de Michaelis-Mentenkinetiek toepassen op basis van de onderliggende aannames, waaronder de quasi-steady state (QSS) aannames.
Beschrijvingen van omics technologieën herkennen: genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics.
Analyseren welke technologie in specifieke context (ook nieuwe) van toepassing is.
Concepten uit omics data-analyse herkennen en beschrijven in eigen woorden.
Eenvoudige omics data-analyses uitvoeren.
Redeneren over een metabool netwerk bestaand uit glycolyse, de TCA-cyclus en de glyoxylaatcyclus.
Resultaten van omics data-analyses rapporteren en bediscussiëren.
Termen uit de netwerkbiologie herkennen.
Een biologisch netwerk gebruiken om de functie van een gen te beredeneren.
Resultaten in een wetenschappelijk verslag rapporteren.
Rooster
In MyTimetable (login) kun je alle vak- en opleidingsroosters vinden, waarmee jij je persoonlijke rooster kunt samenstellen. Onderwijsactiviteiten waarvoor je je via MyStudymap hebt ingeschreven, worden automatisch in je rooster getoond. Daarnaast kun je MyTimetable gemakkelijk koppelen aan een agenda-app op je telefoon en worden roosterwijzigingen automatisch in je agenda doorgevoerd; bovendien ontvang je desgewenst per e-mail een notificatie van de wijziging. Je kunt notificaties aanzetten bij Instellingen, na login.
Vragen? Bekijk de video, lees de instructie of neem contact op met de ISSC helpdesk. Let op: Joint Degree-studenten Leiden/Delft dienen de informatie uit de Leidse en Delftse MyTimetables samen te voegen om een volledig rooster te zien. Deze video legt uit hoe dat werkt.
Onderwijsvorm
Hoorcollege, werkcolleges, zelfstudie
Toetsing en weging
Het eindcijfer bestaat uit de volgende deelcijfers:
Tentamen: weging 67%, bodemcijfer 5,6
Werkcolleges: weging 33%, bodemcijfer 6,0
Aanwezigheid bij de seminars is verplicht, de studenten dienen via Brightspace, aan het einde van ieder seminar een verslag of antwoorden op een aantal vragen in. Herkansing voor de seminars is alleen mogelijk indien je wel aanwezig was, maar onvoldoende scoorde.
De beoordeling van iedere seminar moet minstens 5,0 zijn (seminar 1 en 2 zijn pass/fail) en het gemiddelde van de seminars moet minstens 6,0 zijn.
Literatuurlijst
Cursushandleiding.
Inschrijven
Met ingang van het collegejaar 2022-2023 ben je als student zelf verantwoordelijk om je tijdig, dat wil zeggen 14 of 28 dagen voor aanvang van het vak, in te schrijven. Dat kan via MyStudymap. Dit doe je twee keer per jaar: één keer voor de vakken die je wilt volgen in semester 1 en één keer voor de vakken die je wilt volgen in semester 2.
Inschrijven voor vakken in het eerste semester is mogelijk vanaf juli; inschrijven voor vakken in het tweede semester is mogelijk vanaf december. Zie voor meer informatie deze pagina (tab Wiskunde en Natuurwetenschappen)
Daarnaast is het voor alle studenten, inclusief eerstejaars bachelorstudenten, verplicht om zich in te schrijven voor tentamens via My Studymap. Zonder geldige voorinschrijving in My Studymap kun je niet deelnemen aan het tentamen.
Uitgebreide informatie over de werking van MyStudymap vind je hier.
Contact
Coördinator: Prof. Dr. V. van Noort
Email: v.van.noort@biology.leidenuniv.nl
Opmerkingen
De Powerpoint files van de colleges, alle werkopdrachten etc. worden op Brightspace geplaatst. Werkopdrachten worden via Brightspace (Turnitin) ingeleverd.
Inzage en feedback op het tentamen: februari 2024. Tijd en locatie volgen.