Toegangseisen
Microbiologie en immunobiologie (jaar 1).
Beschrijving
Belangrijke onderdelen uit de microbiologie worden in hoorcolleges behandeld en in praktische experimenten nader toegelicht. Doel is het verdiepen van de kennis over belangrijke microbiologische processen en hun onderlinge samenhang, alsmede het oefenen in het voorbereiden, opzetten en uitvoeren van experimenten in microbiologisch onderzoek.
Tijdens de cursus zal aandacht worden besteed aan isolatie en karakterisering van bacteriën. Er zal hierbij worden gekeken naar de productie van stoffen die schimmelgroei kunnen remmen (secundaire metabolieten en signaalmoleculen). Zelf geïsoleerde bacteriën zullen worden geïdentificeerd met behulp van PCR, sequencing en database vergelijking.
Ook zal de functie van een aantal eiwitten in Aspergillus niger worden geanalyseerd d.m.v. het maken van een gendeletie via CRISPR/Cas9 technologie. Na transformatie van A. niger worden transformanten gecontroleerd (PCR) en geanalyseerd (fenotypische screen).
Leerdoelen
Aan het einde van de cursus kan de student:
1. de verschillende secretiesystemen in prokaryoten (bacteriën) en eukaryoten (schimmels) beschrijven.
2. verschillende concepten met betrekking tot genregulatie in bacteriën en schimmels beschrijven en kan deze kennis toepassen voor het verbeteren van enzymproductie in schimmels.
3. de verschillende mechanismen van biocontrole, quorum sensing en biofilmformatie beschrijven en illustreren.
4. de verschillende moleculaire methodes voor het genetisch modificeren van schimmels (transformatie en selectie, constructie en analyse van gendeletie mutanten, en het complementeren van mutanten) beschrijven.
5. strategieën met betrekking tot het efficiënt produceren van eiwitten, antibiotica, en organische zuren in filamenteuze schimmels toelichten .
6. het werkings- en resistentiemechanismen van antibiotica tegen schimmels beschrijven en strategieën voor het ontdekken van nieuwe antischimmelstoffen toelichten
7. microbiële basistechnieken (zoals medium en voedingsbodems maken, reinstrijken, grambepaling, verschillende fenotypische analyses, en moleculaire identificatie) toepassen bij het isoleren en karakteriseren van nieuwe bacteriestammen met mogelijk industriële toepassingen.
8. kennis van moleculaire methodes voor het genetisch modificeren van schimmels toepassen door een gendeletie in Aspergillus niger te maken en het fenotype te karakteriseren.
9. wetenschappelijk artikel binnen de moleculaire microbiologie interpreteren en vertalen naar een samenhangende presentatie voor medestudenten.
Rooster
In MyTimetable (login) kun je alle vak- en opleidingsroosters vinden, waarmee jij je persoonlijke rooster kunt samenstellen. Onderwijsactiviteiten waarvoor je je via MyStudymap hebt ingeschreven, worden automatisch in je rooster getoond. Daarnaast kun je MyTimetable gemakkelijk koppelen aan een agenda-app op je telefoon en worden roosterwijzigingen automatisch in je agenda doorgevoerd; bovendien ontvang je desgewenst per e-mail een notificatie van de wijziging. Je kunt notificaties aanzetten bij Instellingen, na login.
Vragen? Bekijk de video, lees de instructie of neem contact op met de ISSC helpdesk. Let op: Joint Degree-studenten Leiden/Delft dienen de informatie uit de Leidse en Delftse MyTimetables samen te voegen om een volledig rooster te zien. Deze video legt uit hoe dat werkt.
Onderwijsvorm
Hoorcolleges, zelfstudie, presentatie en practicum.
Toetsing en weging
Het eindcijfer bestaat uit de volgende deelcijfers:
Tentamen: weging 50%
Practicum (labjournaal, indruk, onderzoeksvoorstel en presentatie): weging 35%
Literatuurstudie-presentatie: weging 15%
Literatuurlijst
Verplicht: Madigan et al Brock Biology of Microorganisms, Prentice Hall International Inc., 15e of 16e editie.
Practicumhandleiding via Labbuddy (https://bio-lei.labbuddy.net/)
Informatie op Brightspace
Inschrijven
Met ingang van het collegejaar 2022-2023 ben je als student zelf verantwoordelijk om je tijdig, dat wil zeggen 14 of 28 dagen voor aanvang van het vak, in te schrijven. Dat kan via MyStudymap. Dit doe je twee keer per jaar: één keer voor de vakken die je wilt volgen in semester 1 en één keer voor de vakken die je wilt volgen in semester 2.
Inschrijven voor vakken in het eerste semester is mogelijk vanaf juli; inschrijven voor vakken in het tweede semester is mogelijk vanaf december. Zie voor meer informatie deze pagina (tab Wiskunde en Natuurwetenschappen)
Daarnaast is het voor alle studenten, inclusief eerstejaars bachelorstudenten, verplicht om zich in te schrijven voor tentamens via My Studymap. Zonder geldige voorinschrijving in My Studymap kun je niet deelnemen aan het tentamen.
Uitgebreide informatie over de werking van MyStudymap vind je hier.
Contact
Coördinator: Prof.dr. A.F.J. Ram
E-mail: a.f.j.ram@biology.leidenuniv.nl
Opmerkingen
Colleges, werkopdrachten worden op Brightspace geplaatst.
Maximaal aantal deelnemers: 85