Studiegids

nl en

Basic Biochemistry and Molecular Biology for Bioinformatics

Vak
2024-2025

Toegangseisen

n.v.t.

Beschrijving

Tijdens Basic Biochemistry and Molecular Biology for Bioinformatics zal je kennismaken met de chemische en moleculaire basis achter het leven. Het vak bestaat uit drie onderdelen: collegeserie Chemie van het Leven (leerdoelen 1 t/m 4), collegeserie Moleculaire Genetica (leerdoelen 5 t/m 10), en practicum Moleculaire Technieken (leerdoelen 9 t/m 12).

In de colleges behorend bij Chemie van het Leven worden de chemische basisbegrippen (chemische elementen, chemische verbindingen, reacties, mechanismen, interacties), de unieke eigenschappen van water (zuur/base, pKa) en de functie van biomoleculen (nucleïnezuren, aminozuren, lipiden en koolhydraten) in de biologie behandeld.

In de colleges behorend bij Moleculaire Genetica komen de volgende onderwerpen aan bod: structuur van het erfelijk materiaal, DNA replicatie, mutatie, transpositie, DNA schade en reparatie, transcriptie van DNA in RNA en translatie van RNA in eiwit, regulatie van genexpressie in prokaryoten en eukaryoten, recombinant DNA, vectoren, kloneren, moleculair biologische technieken voor genotypering of detectie van genexpressie, DNA sequencing en genomen, genetische modificatie, transgene planten en dieren, (therapeutisch) klonen.

Tijdens het practicum Moleculaire Technieken (onderdeel Basispracticum) zal je kennismaken met de apparatuur en de basisvaardigheden in het laboratorium (pipetteren, afwegen, steriel werken, buffers en oplossingen maken). Je zal een stukje DNA uit een kwal in een vector kloneren om een fluorescerende bacterie te maken. Tijdens het practicum wordt aandacht besteed aan academische vaardigheden, zoals leren bijhouden van een labjournaal en het verwerken van experimentele resultaten.

Leerdoelen

Aan het einde van de cursus kan de student: 
1. de bouw van atomen en moleculen benoemen en herkennen.
2. de structuur en functie van koolwaterstofmoleculen benoemen en herkennen.
3. de structuur en functie van biologische macromoleculen (nucleïnezuren, aminozuren, eiwitten) en lipiden benoemen en herkennen.
4. analysetechnieken van biologische macromoleculen benoemen en identificeren.
5. de moleculaire basis van overerving bij prokaryoten en eukaryoten beschrijven en uitleggen (DNA, chromatine, DNA replicatie, genen).
6. genexpressie en regulatie van genexpressie beschrijven en uitleggen op het niveau van transcriptie en translatie.
7. beschrijven op welke manieren mutaties kunnen ontstaan in DNA en begrijpen wat het effect daarvan is op de overerving.
8. basale DNA sequencing technieken beschrijven en uitleggen en de resultaten interpreteren, en beschrijven en uitleggen hoe daarmee genomen in kaart zijn gebracht,.
9. basale moleculair-biologische technieken, zoals kloneren, PCR, qPCR, Western blotting beschrijven, uitleggen, interpreteren en toepassen.
10. methoden voor genetische modificatie en het kloneren van organismen beschrijven, uitleggen en toepassen.
11. practica zelfstandig voorbereiden door het lezen van de theorie achter het wetenschappelijke experiment en verwerken door middel van een laboratoriumjournaal.
12. basisvaardigheden in het laboratorium (zoals pipetteren, afwegen, steriel werken, buffers en oplossingen maken) uitvoeren.

Rooster

In MyTimetable kun je alle vak- en opleidingsroosters vinden, waarmee jij je persoonlijke rooster kunt samenstellen. Onderwijsactiviteiten waarvoor je je via MyStudyMap hebt ingeschreven, worden automatisch in je rooster getoond.

Daarnaast kun je My Timetable gemakkelijk koppelen aan een agenda-app op je telefoon en worden roosterwijzigingen automatisch in je agenda doorgevoerd; bovendien ontvang je desgewenst per e-mail een notificatie van de wijziging. Je kunt notificaties aanzetten bij Instellingen, nadat je bent ingelogd.

Vragen? Bekijk de video, lees de instructie of neem contact op met de ISSC helpdesk.

Let op: Joint Degree studenten Leiden/Delft dienen de informatie uit de Leidse en Delftse MyTimetables samen te voegen om een volledig rooster te zien. Deze video legt uit hoe dat werkt.

Onderwijsvorm

Colleges (Chemie van het Leven en Moleculaire Genetica) en practicum (Moleculaire Technieken)

Toetsing en weging

Het eindcijfer bestaat uit de volgende onderdelen:

  • Tentamen Chemie van het Leven (colleges + hoofdstukken 2, 4, 5 uit Biology van Campbell) (25%)

  • Tentamen Moleculaire Genetica (colleges + hoofdstukken 16 t/m 20 uit Biology van Campbell) (50%)

  • Practicum Moleculaire Technieken (25%)

Om het vak succesvol af te ronden is aanwezigheid bij het practicum verplicht. Elk onderdeel is apart te herkansen.

Bodemcijfer:
Voor vakken uit jaar 1 van de bachelor geldt een bodemcijfer van een onafgeronde 5,0 voor deelcijfers, en een onafgeronde 5,5 voor eindcijfers.

Als een vak 2 of meer schriftelijke deeltentamens heeft, geldt het bodemcijfer alleen voor het gewogen gemiddelde van de tentamens.

Bij deelcijfers uit andere onderdelen dan tentamens (bijv. practica, werkcolleges, schrijfopdrachten) geldt wel voor de losse onderdelen het bodemcijfer.

Raadpleeg het Studentenstatuut voor een overzicht van alle richtlijnen (zie daarin Regels en Richtlijnen Examencommissie voor geldigheid van deelcijfers).

Literatuurlijst

  • Biology, Campbell, 12th edition

  • Collegeserie: dia’s van de colleges (te vinden op Brightspace)

  • Practicum: online instructies via LabBuddy (https://bio-lei.labbuddy.net)

Inschrijven

Als student ben je zelf verantwoordelijk voor het tijdig inschrijven via MyStudyMap.

In deze korte video zie je stap voor stap hoe je je kunt inschrijven voor cursussen in MyStudyMap.
Uitgebreide informatie over de werking van MyStudyMap vind je hier.

Er zijn twee inschrijfperiodes per jaar:

  • de inschrijving voor het najaar opent in juli

  • de inschrijving voor het voorjaar opent in december

Zie deze pagina voor meer informatie over deadlines en inschrijven voor vakken en tentamens.

Let op:

  • Het is verplicht om je in te schrijven voor alle activiteiten die je gaat volgen van een vak.

  • Je inschrijving is pas voltooid wanneer je je cursusplanning indient in het tabblad ‘Klaar voor inschrijving’ door op ‘indienen’ te klikken.

  • Niet ingeschreven zijn voor een (her)tentamen betekent dat je niet mag deelnemen aan het (her)tentamen.

Contact

Coördinator: Dr. ir. J. van den Brink
E-mail: j.van.den.brink@biology.leidenuniv.nl

Opmerkingen

Aanvullende informatie en cursusdocumenten staan op Brightspace en in LabBuddy.

Software
Vanaf collegejaar 2024/2025 werkt de faculteit Wiskunde en Natuurwetenschappen met het software distributieplatform Academic Software. Via het platform kun je toegang krijgen tot de software die je nodig hebt voor bepaalde vakken in je studie. Voor sommige software moet je laptop aan bepaalde systeemeisen voldoen. Dit staat aangegeven bij de software. Belangrijk is dat je de software installeert voor de start van het vak. Meer informatie over het laptopprofiel vind je op de studentenwebsite.