Toegangseisen
Niet van toepassing.
Beschrijving
Er wordt begonnen in colleges en practica om de lichtmicroscoop te ontleden, om een goed begrip ervan te krijgen en deze goed te leren gebruiken. Verschillende contrasttechnieken als DIC en fase-contrast zullen aan bod komen. Tevens zal uitgebreid worden ingegaan op preparaatbereiding en histologische kleuringen en wordt de historie van de microscopie behandeld. Daarna zullen de fluorescentiemicroscoop en de confocale microscoop worden behandeld en gebruikt. Hierna zal de focus liggen of beeldverwerking, waarbij eerst de basis kennis wordt opgedaan en er vervolgens een automatiseringscomponent aan wordt toegevoegd.
Leerdoelen
Na afloop van het vak kan de student:
Uitleggen hoe de lichtmicroscoop is opgebouwd, de afzonderlijke onderdelen herkennen, hun functie benoemen en uitleggen wat er op de onderdelen aangegeven wordt.
Uitleggen hoe fysische principes de beeldvorming in een microscoop bepalen, en hoe de verschillende stralengangen zich door de microscoop bewegen.
De werking van optische contrastverhogende technieken uitleggen, benoemen welke extra onderdelen hiervoor nodig zijn, en waar zich deze in de microscoop bevinden.
Benoemen welke stappen bij preparaatbereiding kunnen worden gezet, uitleggen waarom deze worden gezet, en uitleggen welke effecten deze hebben op preparaat, voorbereidingstijd, en beeldvorming.
De belangrijkste ontwikkelingen in de geschiedenis van de microscopie benoemen.
Beschrijven hoe en waarom fluorescentie wordt gebruikt in biologisch onderzoek, en uitleggen hoe een fluorescentiemicroscoop en een confocale microscoop werken.
Begrijpen hoe een beeld, dat is verkregen met een microscoop, wordt omgezet naar een digitaal beeld, en uitleggen hoe eenvoudige bewerkingen en kwantitatieve analyses op deze beelden kunnen worden uitgevoerd.
Een basisbegrip hebben van hoe automatische beeldverwerking toegepast kan worden in biologisch onderzoek.
Een basis beeldverwerkings programma maken voor FIJI.
Rooster
Voor detailrooster, zie Brightspace.
Week 1: Lichtmicroscopie. Histologie. Contrasttechnieken.
Week 2: Fluorescentiemicroscopie. Historie van de microscopie. Deeltentamen 1. Confocale microscopie.
Week 3: Confocale microscopie. Beeldverwerking.
Week 4: Deeltentamen 2.
In MyTimetable (login) kun je alle vak- en opleidingsroosters vinden, waarmee jij je persoonlijke rooster kunt samenstellen. Onderwijsactiviteiten waarvoor je je via MyStudymap hebt ingeschreven, worden automatisch in je rooster getoond. Daarnaast kun je MyTimetable gemakkelijk koppelen aan een agenda-app op je telefoon en worden roosterwijzigingen automatisch in je agenda doorgevoerd; bovendien ontvang je desgewenst per e-mail een notificatie van de wijziging. Je kunt notificaties aanzetten bij Instellingen, na login.
Vragen? Bekijk de video, lees de instructie of neem contact op met de ISSC helpdesk. Let op: Joint Degree-studenten Leiden/Delft dienen de informatie uit de Leidse en Delftse MyTimetables samen te voegen om een volledig rooster te zien. Deze video legt uit hoe dat werkt.
Onderwijsvorm
Hoorcolleges, practica, werkcolleges/nabesprekingen en zelfstudie.
Toetsing en weging
Twee deeltentamens, Köhlerexamen, opdracht.
Het eind cijfer bestaat uit de volgende deelcijfers:
Tentamen 1 (50%)
Köhlerexamen (pass/fail)
Tentamen 2 (25%)
Beeldverwerkingsopdracht (25%)
Bodemcijfer:
Voor vakken uit jaar 2 en 3 van de bachelor geldt een bodemcijfer van een onafgeronde 5,5.
Als een vak 2 of meer schriftelijke deeltentamens heeft, geldt het bodemcijfer alleen voor het gewogen gemiddelde van de tentamens.
Bij deelcijfers uit andere onderdelen dan tentamens (bijv. practica, werkcolleges, schrijfopdrachten) geldt wel voor de losse onderdelen het bodemcijfer.
Raadpleeg het Studentenstatuut voor een overzicht van alle richtlijnen (zie daarin Regels en Richtlijnen Examencommissie voor geldigheid van deelcijfers).
Literatuurlijst
Eventuele aanvullende literatuur wordt tijdens cursus uitgereikt.
Inschrijven
Je bent als student zelf verantwoordelijk om je tijdig, dat wil zeggen 14 of 28 dagen voor aanvang van het vak, in te schrijven. Dat kan via MyStudymap. Dit doe je twee keer per jaar: één keer voor de vakken die je wilt volgen in semester 1 en één keer voor de vakken die je wilt volgen in semester 2.
Inschrijven voor vakken in het eerste semester is mogelijk vanaf juli; inschrijven voor vakken in het tweede semester is mogelijk vanaf december. Zie voor meer informatie deze pagina (tab Wiskunde en Natuurwetenschappen)
Daarnaast is het voor alle studenten, inclusief eerstejaars bachelorstudenten, verplicht om zich in te schrijven voor tentamens via My Studymap. Zonder geldige voorinschrijving in My Studymap kun je niet deelnemen aan het tentamen.
Uitgebreide informatie over de werking van MyStudymap vind je hier.
Contact
Coördinator: Dr.Ir. J.J. Willemse
E-mail: Jwillemse@biology.leidenuniv.nl
Opmerkingen
Inzage en feedback op het tentamen: datum nog niet bekend.
Powerpointpresentaties van alle colleges, vragen en opdrachten en de informatie nodig voor de literatuuropdracht zullen op Brightspace worden gezet.