Coordinator
Arthur Ram
Email: a.f.j.ram@biology.leidenuniv.nl
Omschrijving
Een nieuwe ontwikkeling in de biologie is systems biology. Het grote verschil met de traditionele studie van een enkel eiwit of gen is dat een groot aantal variabelen gemeten wordt in een celtype of organisme afhankelijk van ontwikkeling of omgeving. De genomische sequenties (genomics) van een aantal (model)organismen zijn nu volledig bepaald, en dat aantal neemt gestaag toe. Dit geeft inzicht in welke genen en eiwitten een organisme potentieel tot expressie kan brengen. Echter de expressie zal veelal afhangen van ontwikkeling en omgeving. Welke genen in welke mate tot expressie komen, d.w.z. de diversiteit en hoeveelheid aan mRNAs (transcriptomics) in een bepaald celtype of organisme kan nu onder bepaalde voorwaarden volledig bepaald worden m.b.v. micro-arrays. Voor metabolieten (metabolomics) en eiwitten (proteomics) is het nu nog moeilijk om dat volledig te doen, en vinden er nog volop technologische ontwikkelingen plaats. Combinatie van de verschillende omics metingen leidt tot systems biology, waarbij inzicht wordt verkregen in hoe het volledige biologische systeem reageert afhankelijk van ontwikkeling of omgeving. Dit maakt het mogelijk om het functioneren van cellen mathematisch te modelleren, en te komen tot de ontwikkeling van een virtuele cel. Deze cursus gaat in op de theorie van de omics technologieën, de vernieuwende voordelen van systems biology, en op de praktijk aan de hand van enkele voorbeelden gekozen uit lopend onderzoek.
Onderwijsvormen
practicum, hoorcollege, excursie, zelfstudie
Studiemateriaal – Madigan et al Brock Biology of Microorganisms, Prentice Hall International Inc., 12e ed. 2009. – Practicumhandleiding
Toetsing
tentamen, mondeling presenteren
Ingangseis/advies
advies: Moleculaire genetica, microbiologie
Rooster
x
Inschrijving
Via Utwist en daarna aanmelden via Blackboard
Gebruik Digitale Leeromgeving
x
Doelstelling
Deze cursus gaat in op de theorie van de omics technologieën, de vernieuwende voordelen van systems biology. De verschillende technologieën en de kracht en nieuwe mogelijkheden worden aan de hand van colleges en practica geïllustreerd.
Opmerkingen
x