Het college behandelt de wiskundige modellering, analyse en simulatie van verschillende biochemische processen die een rol spelen bij elektrische activiteit van cellen, bijvoorbeeld neuronen en beta cellen in de alvleesklier. Modelleertechnieken worden belicht op basis van voorbeelden. Wiskundige concepten vanuit de dynamisch-systeemtheorie (b.v. evenwichten, periodieke oplossingen, bifurcaties, tijdschaalanalyse en singuliere verstoring) worden geintroduceerd om de modellen te analyseren en te simuleren met speciale software. De resultaten worden vergeleken met experimenten. Aan het eind van de cursus is de student bekend met de Hodgkin-Huxley, FitzHugh-Nagumo en Morris-Lecar modellen voor elektrische activiteit van cellen en hun onderlinge relaties. De student moet dan in staat zijn om het huidige onderzoek op het terrein van (bio-)neurale netwerken verder te verkennen.
Aantal college-uren
2
Tentaminering
Opdrachten en literatuuronderzoek met vervolgens presentatie(s) van resultaten
Verplichte literatuur
‘Computational Cell Biology’, C.P. Fall, E.S. Marland, J.M. Wagner and J.J. Tyson (eds.), Interdisciplinary Applied Mathematics, Vol. 20, Springer-Verlag, 2002 (ISBN 0-387-95369-9)
Werkvorm
Hoorcollege en computerondersteunde werkgroepen
Extra informatie
Het college is onderdeel van de Bioinformatica track van de Technische Universiteit Delft en de Universiteit Leiden. Zie http://www.delftleiden.nl/BIO/ voor meer informatie en voor details over het rooster.
Voorkennis
Analyse 1-3
Voorbereiding op
Specialisatie richting mathematische biologie: toepassing van wiskundige modellering, analyse en numerieke simulatie op biologische systemen. Neem voor meer informatie hierover contact op met de docent, dr. S.C. Hille.
Links