Studiegids

nl en

Systeembiologie

Vak 2019-2020

Toegangseisen

Advies: Moleculaire Biologie, jaar 2

Contact

Coördinator: Dr. G.P.H.van.Heusden
Email: g.p.h.van.heusden@biology.leidenuniv.nl

Beschrijving

Een nieuwe ontwikkeling in de biologie is de Systeembiologie. Het grote verschil met de traditionele studie van een enkel eiwit of gen is dat een groot aantal variabelen gemeten wordt in een celtype of organisme afhankelijk van ontwikkeling of omgeving. De genomische sequenties (genomics) van een aantal (model)organismen zijn nu volledig bepaald, en dat aantal neemt exponentieel toe. Dit geeft inzicht in welke genen en eiwitten een organisme potentieel tot expressie kan brengen. Echter de expressie zal veelal afhangen van ontwikkeling en omgeving. Welke genen in welke mate tot expressie komen, d.w.z. de diversiteit en hoeveelheid aan mRNAs (transcriptomics) in een bepaald celtype of organisme, kan volledig bepaald worden m.b.v. micro-arrays of RNA sequencing. Voor metabolieten (metabolomics) en eiwitten (proteomics) is het nu nog moeilijk om dat volledig te doen, en vinden er nog volop technologische ontwikkelingen plaats. Combinatie van de verschillende omics metingen leidt tot de Systeembiologie, waarbij inzicht wordt verkregen in hoe het volledige biologische systeem reageert afhankelijk van ontwikkeling of omgeving. Dit maakt het mogelijk om het functioneren van cellen mathematisch te modelleren, en te komen tot de ontwikkeling van een virtuele cel. Deze cursus gaat in op de theorie van de omics technologieën, de vernieuwende voordelen van de systeembiologie, het metabolisme van bakkersgist en het analyseren van grote data sets aan de hand van enkele voorbeelden gekozen uit lopend onderzoek.

Leerdoelen

Doelstellingen:
Kennismaken met de systeem biologische benadering van biologische vraagstukken en het bijbrengen van inzicht en kennis van de theorie van de verschillende omics technologieën.

Eindtermen:
De student heeft inzicht in de systeem biologische benadering van biologisch vraagstukken, heeft kennis van en inzicht in verschillende omics technieken (transcriptomics, proteomics en metabolomics) en het koolstof metabolisme (glycolyse, citroenzuur cyclus, glyoxylaat cyclus). De student kan deze kennis toepassen bij het analyseren van experimenteel verkregen data en data uit de literatuur.

Rooster

Van 9 december 2019 tot en met 20 december 2019, voor detailrooster zie Blackboard.

Onderwijsvorm

Hoorcollege, werkcolleges, werkopdrachten, zelfstudie

Toetsing

Tentamen: weging 67%, bodemcijfer 5,6
Werkopdrachten: weging 33%, bodemcijfer 6,0

Blackboard

De Powerpoint files van de colleges, alle werkopdrachten etc. worden op Blackboard geplaatst. Werkopdrachten worden via Blackboard (Turnitin) ingeleverd.

Literatuur

Cursushandleiding

Aanmelden

Via USIS en daarna aanmelden via Blackboard