Toegangseisen
n.v.t.
Contact
Coordinator: Dr. K. Vrieling
Email: k.vrieling@biology.leidenuniv.nl
Beschrijving
In circa 12 colleges worden de verschillende moleculaire technieken behandeld die veelvuldig in de ecologie, evolutiebiologie en de systematiek worden gebruikt. Ook de toepassingen van deze technieken worden besproken (oa DNA sequencing, Next generation sequencing, AFLP, microsatellieten en SNPs).
Naast de colleges zullen een aantal technieken worden uitgevoerd in een practicum. Er zal een analyse worden gedaan mbv microsatellieten om de graad van zelfbestuiving te schatten in een natuurlijke populatie en er zal een SNP analyse worden uitgevoerd aan natuurlijke populaties. In het barcoding project zullen er verschillende organismen worden gesequenced. Deze sequentie gegevens zullen worden gebruikt om een fylogenie te maken. Tot slot zullen er kloneringen worden uitgevoerd op PCR producten van ancientDNA monsters om schade en contaminatie te schatten. De verkregen gegevens zullen met verschillende software programma’s verwerkt worden.
Leerdoelen
Doelstellingen:
Begrijpen en theoretisch kunnen reproduceren van algemeen voorkomende moleculaire technieken zoals: PCR, kloneren, Sanger sequencing, next generation sequencing plaforms van Illumina, Roche 454, IonTorrent, AFLP, microsatellieten, SNP
Kunnen uitvoeren van algemeen voorkomende moleculaire technieken zoals: PCR, Sanger sequencing, microsatellieten, SNPs en kloneren.
Analyseren en verwerken Sanger sequencing, SNP en microsatelliet data
Verwerken van moleculaire data met specifieke programma’s om bv kruisbestuiving te schatten, sequenties te blasten, fylogenieen te maken.
In staat zijn de meest geschikte moleculaire techniek te kiezen voor de op te lossen vraagstelling.
Eindtermen:
Begrijpen en kunnen uitvoeren van diverse moleculaire technieken. In staat zijn om technieken te optimaliseren en problemen op te lossen.
Rooster
Van 16 september tot en met 27 september 2013, detailrooster wordt bekend gemaakt via Blackboard.
Onderwijsvorm
Colleges en practica
Toetsing
Tentamen, verslag en labjournaal
Blackboard
Communicatie via Blackboard
Literatuur
Syllabus
Aanmelden
Via USIS en daarna aanmelden via Blackboard
Opmerkingen
Voor de aanschaf van de syllabus wordt een klein bedrag gevraagd. Voor de verwerking van de gegevens zullen programma’s op de laptop moeten worden geplaatst.