Toegangseisen
Advies: Moleculaire Biologie, jaar 2
Contact
Coördinator: Prof. Dr. V. van Noort
Email:v.van.noort@biology.leidenuniv.nl
Beschrijving
Een nieuwe ontwikkeling in de biologie is de Systeembiologie. Het grote verschil met de traditionele studie van een enkel eiwit of gen is dat een groot aantal variabelen gemeten wordt in een celtype of organisme afhankelijk van ontwikkeling of omgeving. De genomische sequenties (genomics) van een aantal (model)organismen zijn nu volledig bepaald, en dat aantal neemt exponentieel toe. Dit geeft inzicht in welke genen en eiwitten een organisme potentieel tot expressie kan brengen. Echter de expressie zal veelal afhangen van ontwikkeling en omgeving. Welke genen in welke mate tot expressie komen, d.w.z. de diversiteit en hoeveelheid aan mRNAs (transcriptomics) in een bepaald celtype of organisme, kan volledig bepaald worden m.b.v. micro-arrays of RNA sequencing. Voor metabolieten (metabolomics) en eiwitten (proteomics) is het nu nog moeilijk om dat volledig te doen, en vinden er nog volop technologische ontwikkelingen plaats. Combinatie van de verschillende omics metingen leidt tot de Systeembiologie, waarbij inzicht wordt verkregen in hoe het volledige biologische systeem reageert afhankelijk van ontwikkeling of omgeving. Dit maakt het mogelijk om het functioneren van cellen mathematisch te modelleren, en te komen tot de ontwikkeling van een virtuele cel. Deze cursus gaat in op de theorie van de omics technologieën, de vernieuwende voordelen van de systeembiologie, het metabolisme van bakkersgist en het analyseren van grote data sets aan de hand van enkele voorbeelden gekozen uit lopend onderzoek.
Leerdoelen
Doelstellingen:
Kennismaken met de systeem biologische benadering van biologische vraagstukken en het bijbrengen van inzicht en kennis van de theorie van de verschillende omics technologieën.
Eindtermen:
De student heeft inzicht in de systeem biologische benadering van biologisch vraagstukken, heeft kennis van en inzicht in verschillende omics technieken (transcriptomics, proteomics en metabolomics) en het koolstof metabolisme (glycolyse, citroenzuur cyclus, glyoxylaat cyclus). De student kan deze kennis toepassen bij het analyseren van experimenteel verkregen data en data uit de literatuur.
Rooster
Van 3 januari 2022 tot en met 28 januari 2022, voor detailrooster zie Brightspace.
Onderwijsvorm
Hoorcollege, werkcolleges, zelfstudie
Toetsing
Opdrachten werkcolleges, tentamen
Aanwezigheid bij de seminars is verplicht, de studenten dienen via Brightspace, aan het einde van ieder seminar een verslag of antwoorden op een aantal vragen in. Herkansing voor de seminars is alleen mogelijk indien je wel aanwezig was, maar onvoldoende scoorde.
Het eind cijfer bestaat uit de volgende deelcijfers:
Tentamen: weging 67%, bodemcijfer 5,6
Werkcolleges: weging 33%, bodemcijfer 6,0, elk werkcollege moet voldoende zijn
Inzage en feedback op het tentamen
Datum: Februari 2021. Tijd en locatie volgen
Brightspace
De Powerpoint files van de colleges, alle werkopdrachten etc. worden op Brightspace geplaatst. Werkopdrachten worden via Brightspace (Turnitin) ingeleverd.
Literatuur
Cursushandleiding
Aanmelden
Via USIS