Toegangseisen
(Kennis van Python op het niveau van) Programmeermethoden NA
Beschrijving
In deze cursus leer je de natuurkunde achter elementaire processen in levende cellen kennen. Centraal staat de stochastische beweging van moleculen en hoe deze gebruikt wordt om richting te geven aan biologische reacties.
Aan de hand van een introductie van fysische en of biologische problemen tijdens een wekelijks hoorcollege zal je door middel van prigrammeeropgaven steeds dieper in gaan op basis concepten uit de statistische fysica zoals kansrekening, statistiek, en combinatoriek.
Het zwaartepunt van de cursus vormen de werkcolleges waarin je met behulp van zelf te schrijven Python scripts een groot aantal stochastische en/of biologische processen met simulaties doorrekent.
Door wekelijks opgaven in te leveren met wisselende duo’s, leer je samen te werken en van elkaars inzichten te profiteren.
De volgende onderwerpen uit de biofysica komen aan bod:
De inhoud van een cel
Brownse beweging
De Stokes-Einstein relatie
De wet van Fick en de diffusievergelijking
Entropie en vrije energie
De Boltzmann-verdeling
Leerdoelen
Na deze cursus kan je kansrekening, statistiek, en combinatoriek inzetten om een variëteit van (bio-)fysische problemen kritisch door te lichten.
Je kunt:
De programmeertaal Python gebruiken voor berekeningen en simulaties
Eenvoudige numerieke technieken toepassen op fysische problemen
Verbanden tussen analytische vergelijkingen en numerieke oplossingen toetsen
Een beschrijving geven van essentiele onderdelen van een cel
Statistische parameters afleiden uit “random walks”
De begrippen entropie en vrije energie uitleggen
Algemene Vaardigheden
Na afloop kan je:
Constructief commentaar geven op elkaars werk
Abstracte problemen zelfstanding omzetten in kwantitatieve oplossingen
Kritisch de nauwkeurigheid van experimentele resultaten evalueren
Rooster
Ga hiervoor naar Brightspace
In MyTimetable kun je alle vak- en opleidingsroosters vinden, waarmee jij je persoonlijke rooster kunt samenstellen. Onderwijsactiviteiten waarvoor je je via MyStudyMap hebt ingeschreven, worden automatisch in je rooster getoond.
Daarnaast kun je My Timetable gemakkelijk koppelen aan een agenda-app op je telefoon en worden roosterwijzigingen automatisch in je agenda doorgevoerd; bovendien ontvang je desgewenst per e-mail een notificatie van de wijziging. Je kunt notificaties aanzetten bij Instellingen, nadat je bent ingelogd.
Vragen? Bekijk de video, lees de instructie of neem contact op met de ISSC helpdesk.
Let op: Joint Degree studenten Leiden/Delft dienen de informatie uit de Leidse en Delftse MyTimetables samen te voegen om een volledig rooster te zien. Deze video legt uit hoe dat werkt.
Onderwijsvorm
Zie Brightspace
Toetsing en weging
Het eindcijfer wordt berekend uit: 1+0.6programmeeropgaven + 0.3eindtoets. De eindtoets bestaat uit een programmeer opdracht die thuis uitgevoerd wordt (take home tentamen).
Literatuurlijst
Beschikbaar op Brightspace
Inschrijven
Als student ben je zelf verantwoordelijk voor het tijdig inschrijven via MyStudyMap.
In deze korte video zie je stap voor stap hoe je je kunt inschrijven voor cursussen in MyStudyMap.
Uitgebreide informatie over de werking van MyStudyMap vind je hier.
Er zijn twee inschrijfperiodes per jaar:
de inschrijving voor het najaar opent in juli
de inschrijving voor het voorjaar opent in december
Zie deze pagina voor meer informatie over deadlines en inschrijven voor vakken en tentamens.
Let op:
Het is verplicht om je in te schrijven voor alle activiteiten die je gaat volgen van een vak.
Je inschrijving is pas voltooid wanneer je je cursusplanning indient in het tabblad ‘Klaar voor inschrijving’ door op ‘indienen’ te klikken.
Niet ingeschreven zijn voor een (her)tentamen betekent dat je niet mag deelnemen aan het (her)tentamen.
Contact
Docent: Prof.dr.ir. John van Noort
Opmerkingen
Aanwezigheid bij werkcollge is verplicht.
Software
Vanaf collegejaar 2024/2025 werkt de faculteit Wiskunde en Natuurwetenschappen met het software distributieplatform Academic Software. Via het platform kun je toegang krijgen tot de software die je nodig hebt voor bepaalde vakken in je studie. Voor sommige software moet je laptop aan bepaalde systeemeisen voldoen. Dit staat aangegeven bij de software. Belangrijk is dat je de software installeert voor de start van het vak. Meer informatie over het laptopprofiel vind je op de studentenwebsite.