Toegangseisen
n.v.t.
Contact
Coördinator: Dr. K. Vrieling
Email: k.vrieling@biology.leidenuniv.nl
Beschrijving
In circa 12 colleges worden de verschillende moleculaire technieken behandeld die veelvuldig in de ecologie, evolutiebiologie en de systematiek worden gebruikt. Ook de toepassingen van deze technieken worden besproken (oa DNA sequencing, Next generation sequencing, AFLP, microsatellieten en SNPs).
Naast de colleges zullen een aantal technieken worden uitgevoerd in een practicum. Van een natuurlijke populatie zal er een SNP analyse worden uitgevoerd voor een bepaling van de genetische structuur. In het barcoding project zullen er verschillende organismen worden gesequenced. Deze sequentie gegevens zullen worden gebruikt om een fylogenie te maken. Tot slot zullen er kloneringen worden uitgevoerd op PCR producten afkomstig van gedegradeerde materialen zoals uitwerpselen. De verkregen gegevens zullen met verschillende software programma’s verwerkt worden.
Leerdoelen
Doelstellingen:
Begrijpen en theoretisch kunnen reproduceren van algemeen voorkomende moleculaire technieken zoals: PCR, kloneren, Sanger sequencing, next generation sequencing, AFLP, microsatellieten, SNP
Kunnen uitvoeren van algemeen voorkomende moleculaire technieken zoals: DNA extracties, PCR, Sanger sequencing, SNPs en kloneren.
Analyseren en verwerken van gegevens van Sanger sequencing en fragment data zoals SNP en microsatellieten.
Verwerken van moleculaire data met Convert, Arlequin, Structure en Geneious om bijv. Hardy Weinberg equilibrium te toetsen, genetische differentiatie te schatten, en fylogenieen te maken.
In staat zijn de meest geschikte moleculaire techniek te kiezen voor de op te lossen vraagstelling.
Eindtermen:
Begrijpen en kunnen uitvoeren van diverse moleculaire technieken en analyses. In staat zijn om technieken te optimaliseren en problemen op te lossen.
Rooster
Van 19 september tot en met 30 september 2016, detailrooster wordt bekend gemaakt via Blackboard.
Onderwijsvorm
Colleges en practica
Toetsing
Tentamen, verslag en labjournaal
Blackboard
Communicatie via Blackboard
Literatuur
Syllabus
Aanmelden
Via USIS en daarna aanmelden via Blackboard
Opmerkingen
Voor de aanschaf van de syllabus wordt een klein bedrag gevraagd. Voor de verwerking van de gegevens zullen programma’s op de laptop moeten worden geplaatst.