Toegangseisen
Niet van toepassing
Beschrijving
LET OP dit vak is nieuw vanaf 2025-2026 en gebruikt de tijd die is vrijgekomen door het samenvoegen en integreren van het oude stijl vak Fysiologie plus het oude stijl vak Histologie.
Ben je in 2024-2025 of eerder gestart met BFW en heb Fysiologie oude stijl en/of Histologie oude stijl nog niet gehaald? Check dan de overgangsregelingen op de pagina's van Fysiologie oude stijl en/of Histologie oude stijl om te zien wat je nog moet doen om aan de vereisten te voldoen.
Computationele onderzoeksvaardigheden zijn onmisbaar in de huidige bio-farmaceutische wetenschap, om steeds complexere data en systemen te beschrijven en begrijpen. Gedurende de bachelor zullen we tijdens de computationele onderzoeksvaardigheden vakken (CO) verschillende aspecten van computationeel onderzoek behandelen: data management, programmeren, statistiek, wiskundig modelleren en cheminformatica, bioinformatica en -omics technieken. De CO leerlijn loopt de hele Bachelor door en kennis en vaardigheden die hier opgedaan worden zijn cruciaal voor het begrijpen en uitvoeren van de onderzoekcyclus.
In CO1C gaan jullie aan de slag met datasets vanuit verschillende farmaceutische studies, om te zorgen dat de bijbehorende onderzoeksvraag beantwoord kan worden. Dit is een vervolg op CO1A, waarin jullie voor het eerst aan de slag zijn gegaan met data in R en Noteable. Voor het beantwoorden van onderzoekvraag met data is het belangrijk om rommelige data te kunnen opschonen en een geschikte datavisualisatie te maken. Deze bewerkingen gaan jullie in de scripttaal R uitvoeren. Hierbij gaan jullie ook dieper in op wat er mogelijk is met R, zoals het rekenen aan concentraties en verdunningen. Hierbij is het cruciaal om te weten hoe je met wetenschappelijke data om moet gaan en dit aspect wordt behandeld in de vorm van de FAIR principes (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable). Deze vaardigheden en kennis kun je vervolgens inzetten voor je eigen experimenten, in de opleiding en in het werkveld.
Leerdoelen
Na afloop van CO1C kan de student:
de FAIR principes voor wetenschappelijk data uitleggen,
concentraties berekenen aan de hand van verdunningsreeksen en ijklijnen in R,
data inlezen en opschonen in R (data wrangling),
een grafiek maken van experimentele en klinische data met ggplot,
R code schrijven en uitvoeren; functies, berekeningen en databaseoperaties,
onderzoeksgegevens interpreteren in de context van de onderzoeksvraag.
Rooster
In MyTimetable (na login) kun je alle vak- en opleidingsroosters vinden, waarmee je het grootste deel van je rooster (zalen en tijden) kunt samenstellen. Onderwijsactiviteiten waarvoor je je via MyStudymap hebt ingeschreven, worden automatisch in je rooster getoond. Daarnaast kun je MyTimetable gemakkelijk koppelen aan een agenda-app op je telefoon en worden roosterwijzigingen automatisch in je agenda doorgevoerd; bovendien ontvang je desgewenst per e-mail een notificatie van de wijziging (stel in onder 'Instellingen' na login).
Vragen over MyTimetable? Bekijk de video, lees de instructie of neem contact op met de ISSC helpdesk
LET OP:
In MyTimetable kunnen we op dit moment niet álle roosterinformatie weergeven, dus CHECK ALTIJD ÓÓK
het overzichtsrooster op de Brightspace module ‘Bachelor Bio-Farmaceutische Wetenschappen’ voor een compact overzicht van de opbouw van ieder studiejaar, incl. timing van herkansingen en studiegerelateerde activiteiten zoals voorlichting, symposia, etc.. ÉN
het detailrooster op de Brightspace module van ieder vak (na inschrijving), 2-3 weken voor een vak begint. Jouw persoonlijke detailrooster kan nl. afwijken bijv. vanwege opsplitsen in groepen, tussentijdse deadlines, gastdocenten, etc.. Het detailrooster van het vak op Brightspace is leidend.
Onderwijsvorm
Het vak bestaat uit hoorcolleges en werkgroepen. In de hoorcolleges wordt de theorie uitgelegd en er actief in R aan de slag wordt gegaan (in Noteable). In de werkcolleges pas je deze theorie toe door aan de slag te gaan met data bewerking en coderen in R in Noteable.
Toetsing en weging
Een individuele eindopdracht in R uitvoeren voor een voldoende/onvoldoende. Daarnaast is aanwezigheid in werkcolleges verplicht.
Studenten die in 2024-2025 of eerder gestart zijn met BFW dienen de overgangsregeling van Fysiologie oude stijl en/of Histologie oude stijl te volgen.
Literatuurlijst
- De gebruikte software, R en Rstudio in een server omgeving (Noteable), die via Brightspace te bereiken is.
Inschrijven
Om deel te kunnen nemen aan dit vak is inschrijving in uSis verplicht, gebruik daarvoor MyStudymap. Voor dit vak geldt de standaard inschrijftermijn van 5 kalenderdagen vóór de eerste activiteit van het vak.
Inschrijven voor het (her)tentamen kan tot uiterlijk 10 kalenderdagen vóór de (her)tentamendatum.
Schrijf je alleen in voor de onderdelen die je daadwerkelijk gaat volgen, ook uitschrijven als je niet deelneemt is verplicht.
Contact
Dr. Laura B. Zwep
Opmerkingen
Software
Vanaf collegejaar 2024/2025 werkt de faculteit Wiskunde en Natuurwetenschappen met het software distributieplatform Academic Software. Via het platform kun je toegang krijgen tot de software die je nodig hebt voor bepaalde vakken in je studie. Voor sommige software moet je laptop aan bepaalde systeemeisen voldoen. Dit staat aangegeven bij de software. Belangrijk is dat je de software installeert voor de start van het vak. Meer informatie over het laptopprofiel vind je op de studentenwebsite.