Toegangseisen
Advies: Moleculaire Biologie, Moleculaire Genetica, Moleculaire Microbiologie jaar 2
Contact
Coordinatoren: Dr. G.P.H.van.Heusden en Dr. A.F.J. Ram
Email: g.p.h.van.heusden@biology.leidenuniv.nl en a.f.j.ram@biology.leidenuniv.nl
Beschrijving
Een nieuwe ontwikkeling in de biologie is de Systeem Biologie. Het grote verschil met de traditionele studie van een enkel eiwit of gen is dat een groot aantal variabelen gemeten wordt in een celtype of organisme afhankelijk van ontwikkeling of omgeving. De genomische sequenties (genomics) van een aantal (model)organismen zijn nu volledig bepaald, en dat aantal neemt exponentieel toe. Dit geeft inzicht in welke genen en eiwitten een organisme potentieel tot expressie kan brengen. Echter de expressie zal veelal afhangen van ontwikkeling en omgeving. Welke genen in welke mate tot expressie komen, d.w.z. de diversiteit en hoeveelheid aan mRNAs (transcriptomics) in een bepaald celtype of organisme kan nu onder bepaalde voorwaarden volledig bepaald worden m.b.v. micro-arrays. Voor metabolieten (metabolomics) en eiwitten (proteomics) is het nu nog moeilijk om dat volledig te doen, en vinden er nog volop technologische ontwikkelingen plaats. Combinatie van de verschillende omics metingen leidt tot systems biology, waarbij inzicht wordt verkregen in hoe het volledige biologische systeem reageert afhankelijk van ontwikkeling of omgeving. Dit maakt het mogelijk om het functioneren van cellen mathematisch te modelleren, en te komen tot de ontwikkeling van een virtuele cel. Deze cursus gaat in op de theorie van de omics technologieën, de vernieuwende voordelen van systems biology, en op de praktijk aan de hand van onderzoek aan het metabolisme van bakkersgist en enkele voorbeelden gekozen uit lopend onderzoek.
Leerdoelen
Doelstellingen:
Deze cursus gaat in op de theorie van de omics technologieën, de vernieuwende voordelen van systems biology. De verschillende technologieën en de kracht en nieuwe mogelijkheden worden aan de hand van colleges en practica geïllustreerd.
Eindtermen:
De student heeft kennis verworven over Systeem Biologische aanpakken (transcriptomics, proteomics en metabolomics) en basiskennis over het omgaan en analyseren van grote data sets (Genexpressie en metabolomics (NMR-profielen)).
Rooster
Van 27 mei 2013 tot en met 28 juni 2013, voor detailrooster zie Blackboard.
Onderwijsvorm
Practicum, hoorcollege, werkcolleges, werkopdrachten, excursie, zelfstudie
Toetsing
Tentamen, mondeling presenteren
Blackboard
De powerpoint files van de colleges, alle werkopdrachten etc. worden op Blackboard geplaatst
Literatuur
Practicumhandleiding
Aanmelden
Via USIS en daarna aanmelden via Blackboard